行政院九十三年二月二十五日第二八七九次院會決議通過「內政部空中勤務總隊籌備處暫行組織規程」及編制表，將內政部警政署空中警察隊、內政部消防署空中消防隊籌備處、交通部民用航空局航空隊及行政院海岸巡防署空中偵巡隊整併，於同年三月十日成立籌備處，統籌調度執行陸上及海上空中救災、救難、救護、觀測偵巡、運輸等五大任務，並推動組織法制化工作。

九十四年六月二十二日 總統公布「內政部空中勤務總隊組織法」，並經行政院發布自九十四年十一月九日施行，內政部空中勤務總隊正式成立，隸屬內政部，成為內政部第八個附屬機關。